La filtration mécanique retient les grosses particules soit par des brosses, soit par des mousses. Cette action évite d'obstruer les supports de la filtration biologique.
La filtration biologique fonctionne grâce à l'activité des bactéries ; les supports sont soit des mousses, soit des flocs, soit des substrats filtrants.
La filtration chimique permet d'éliminer les substances nocives par action chimique ; on utilise généralement de la zéolithe, voire du charbon actif et exceptionnellement des résines d'échanges d'ions.